Então, consegui mas não funcionou.
Tipo deixei o player #1 como o gamepad OK. E no player #2 coloquei o multitap. O Bomberman identificou que estou com o multitap porque na tela de seleção de jogadores todos os 5 jogadores foram para "man". Porém na prática só funcionou o player #1 pelo gamepad e o player #2 pelo wiimote #1. Agora o wiimote #2 que seria o player #3 não funcionou.
Tem uma tela nas configurações do Retroarch que seleciono o imput dos controles (que é onde selecionei o #2 como multitap), mas nessa tela não consigo passar os inputs dos players #3, #4 e #5 para o gamepad ou wiimote.... Parece estar travado ou algo em conflito....