Eu sempre entendi as frutas como: Paramecia são as que dão um certo poder para os usuários; Zoan são as que transformam o usuário em animais; Logia são as que transformam o usuário no elemento do poder dele.
As paramecia são as que mais aparecem na história e o poder que elas dão podem ou não ter relação com o corpo do usuário. A Hancock, por exemplo, tem uma paramecia que transforma os inimigos em pedra, mas ela mesma tem um corpo de humano normal, o Mr. 3 e o Magelan da mesma forma eram Paramecias e mesmo conseguindo cobrir o corpo deles com seu poder, o corpo em si não era feito de cera ou veneno. Nas paramecias também pode ter os casos que só afetam o corpo, tipo o Luffy que depois de comer a fruta ficou com o corpo com características de borracha, ou o Buggy que pode ter o corpo cortado em mil pedaços. Acho que uma das coisas importantes das Paramecias é que elas são limitadas, ou o poder da fruta afeta a pessoa que comeu (muda o corpo dela) ou o poder afeta terceiros e isso é uma diferença importante para as Logia. No caso dos Logia, os usuários tem tanto o corpo feito do poder da fruta, quanto também podem usar o poder dela em terceiros. O Crocodile mesmo tinha corpo de areia e conseguia secar o mundo em volta, o Ace tinha corpo feito de fogo e conseguia atirar bolas de fogo nos outros, já o Luffy tem corpo de borracha mas não consegue criar borracha do nada. Outra diferença das frutas é que só os Logia tem a restrição de só apanhar de haki.