Serão na verdade dois filtros. Isso pq o dithering usado nos 16 bits, principalmente no mega drive tinha dois propósitos: gerar cores intermediárias de texturas ou gerar transparências. No primeiro caso, o dithering era de baixo contraste, mais sutil, já no segundo havia necessidade de um dithering de alto contraste.
Pois bem, o primeiro tipo é mais fácil de resolver e possibilita ter menos efeitos colaterais. O primeiro shader vai ser para resolver apenas esse tipo 1 de dithering. Ex: foto do jogo do frajola, vejam o dithering das paredes. Ou seja, é um dithering de textura apenas para gerar uma cor extra. Veja que o contraste é baixo.
O segundo tipo de dithering é o pega pra capar e até hoje não vi um shader muito eficiente em tratá-lo. Esse dithering de alto contraste é usado para gerar efeito de transparências. O segundo shader vai ser específico para esse tipo 2 de dithering. Por necessitar alterar mais a imagem, esse remédio tem mais efeitos colaterais, sendo mais agressivo com a imagem. Uma vantagem do segundo shader é que ele resolve o primeiro tipo por tabela, é uma efeito colateral positivo. Mas mesmo assim, só deve ser usado se o jogo contiver o tipo 2 de dithering. Ex: cachoeira do sonic, Earthworm Jim, kirby Dreamland 3 do snes, holofote de streets of Roger 2.