É complicado essa situação.
Eu não vou comentar porque não tenho estudo nenhum na área, conheço um pouco por contato com amigos, mas existem essas pessoas que simplesmente não se aceitam como são e hoje elas podem viver em teoria como querem com muito mais liberdade do que antigamente.
Outra coisa, psicólogo não é feito para mudar a cabeça de ninguém, psicólogo serve para entender o seu problema e te mostrar um caminho, quem deve seguir é você.
Passar a vida reprimindo uma vontade como essas não faz bem a ninguém, e novamente, não afeta ninguém além do menino/a, a vida de todo vai continuar a mesma coisa independente da escolha que ele/a fizer. (lembrando que os pais foram sábios em não fazer tratamento, principalmente pelo fato de ser uma criança, que talvez pode dar um 180 daqui à 2 anos e querer ser menina de novo).
É um caso muito complexo que pelo menos para mim, eu gostaria de estudar muito mais para tirar minhas conclusões, porém sempre vou seguir a lógica de que, se não afeta negativamente outras pessoas, cada um faça o que quiser da sua vida.