Eu diria que é mal escrita e mal pensada mesmo.
Problema de KH é que tem muita contraição em muitas coisas. Se ler os Ansem report em KH 1 e depois em KH2, praticamente inverte muito das coisas que foi explicado.
Heartless no 1 eram nasciam das pessoas que perderam os corações (dai Heartless, até bobinho), aí em KH2 veio os nobody e foi falado que o corpo sem coração é o nobody, e o próprio coração vira o heartless (ficando meio sem sentido o nome heartless).
Aí tem o nobody do Sora que é Roxas, mas não ficaram satisfeitos aí apareceu o Ventus e agora o Roxas era na verdade o Ventus, um usuário da Keyblade de vários anos atras, ficando difícil entender o que está realmente acontecendo.
Mas o pior é disparado o vilão. Vilão do primeiro é o Ansem (seu heartless), aí no 2 descobre que é na verdade Xenahort, um discípulo do Ansem. Aí no BbS descobre que Xenahort é na verdade o Terra, que teve seu corpo possuído por Xenahort, um Keyblade Master, aí depois percebe que o Xenahort do jogo é nenhum e nem outro pois o verdadeiro Xenahort e o verdadeiro Terra estão no coração/alma/corpo (nem sei mais) do Terra, e enquanto os dois estavam lutando no seu interior o corpo/coração do Terra de alguma forma ganhou consciencia e virou discípulo do Ansem, ou seja, era uma terceira personalidade e sabe-se lá quem ou o que é.