Esta magia nunca existiu. JRPG sempre foi linear, tinha mapa, dava uma navinha/navio/o que seja, mas não havia mecanica de side-quest, você tinha sempre que ir no mesmo lugar. Dungeons a mesma coisa, caminho certo só um, o resto era para pegar um ou outro item e olhe lá.
Existiu na minha opinião. Era pelo menos dado a você a oportunidade de caminhar pelo mapa, hoje temos waypoints. Concordo com toda a mecânica que você disse.
A "magia" é subjetiva, eu gostava muito de sair de uma cidade, o mapa dar um "zoom out" e eu ver meu boneco pequeno podendo andar livremente para aquela floresta ou para a próxima cidade, onde a historia progredia (mecânica).
Peguemos final fantasy 6, após o mundo ser destruído (world of ruin) você tinha uma "certa" liberdade de ir resgatando seus personagens e determinados lugares do mundo e dessa forma progredir a historia, existia também o coliseu onde você podia lutar e conseguir armas interessantes (uma espécie de side quest primitiva) além de outras curiosidades na historia.
Numa mecânica do FFX ou FFXIII fazer isso "perderia a magia" já que tira essencialmente sua possibilidade de pegar a navinha/navio/etc e ir em um local que você quer explorar. É tudo waypoint no 10 e no 13.
Quando no 13 o mundo "se abre" em gran pulse, as coisas melhoram muito no quesito exploração, um exemplo da "magia".
Eu gosto de todos os FF (exceto o X-2, que falo abertamente que não curto), porém esse senso de exploração é que precisa ser resgatado, a meu ver.
Tudo acima é minha opinião somente.