Bem, existem duas formas eficientes de desenvolver esse tipo de mecânica, ou você expressa explicitamente como funciona o nível de poder dos personagens, ou você faz o contrario e deixa a escala de poder completamente subjetiva.
HXH como você citou utiliza das duas técnicas, a primeira para as mecânicas básicas do NEN, a segunda para justificar poderes que vão além do senso comum da serie, só que a gente não pode misturar balanceamento com justiça, HXH é balanceado no sentido de que existe justificativa do porque personagem X é melhor que personagem Y em uma determinada situação, as vezes estratégia, localização, etc... entretanto HXH não é um mundo justo (como a grande maioria dos animes e mangas), algumas pessoas são simplesmente melhores que outras, com muito mais talento ou com habilidades de NEN únicas e poderosas, o próprio conceito de Hunter se baseia na ideia de que apenas uma parte da população faz parte dessa elite.
Uma serie que foca bastante em balanceamento é World Trigger, literalmente tudo é explicado, inclusive as situações de combate, é tão complexo que poderia muito bem ser um videogame de sucesso em massa se fosse bem implementado.
O próprio personagem principal é extremamente fraco quando comparado a todo mundo, o que é uma perspectiva interessante se comparando a tantos mangas com protagonistas overpower, é bem interessante ver um protagonista que só tem interesse em ganhar a guerra do que vencer batalhas individuais, muitas vezes fazendo muito mais o papel de comandante do que de combatente, até porque ele geralmente costuma ser facilmente derrotado pelos adversários, claro que se o protagonista continuar cometendo os mesmos erros isso vai irritar o leitor, nesse sentido o manga é cauteloso para deixar claro que o protagonista vai continuamente aprendendo com seus erros, mesmo que em termos de combate continue sendo inferior aos outros.
O problema principal é que escala de poder entra em conflito direto com historias que buscam introduzir novos antagonistas, o próprio Toriyama brincou com essa ideia no inicio da saga do Buu, com o Goku, Vegeta e o Gohan tirando sarro dos inimigos porque no máximo eles eram do nível do fraquíssimo Cell.