A pergunta deveria ser qual deles fazia 3D menos pior, já que nenhum deles (mesmo com seus chips ou addons) foi projetado pra isso... O resultado era algo, no mínimo bizarro.
Respondendo ao tópico, acho que o efeito 3D do Mega era menos pior que o do SNES.
No mais, sempre achei o Mega superior em jogabilidade e resolução e o SNES nas cores, gráficos e sonoridade.
Se me perguntarem dos ports que ambos recebiam de versões "idênticas" (não, Aladdin não é um deles e nem pode ser comparado pq são jogos totalmente diferentes), eu acho que o Mega também ganhava de lavada, com exceção acho que de Sunset Riders, que ficou melhor no console da Nintendo.
E sim, meu console preferido é o SNES.
Abraços.