Primária vc coloca no seu console e pode jogar, salvar e pegar troféus na sua conta principal, inclusive offline. Boa pra pegar um jogo que está muito caro no lançamento (uns 50 reais por 7-15 dias) mas vc quer comprar de verdade um dia quando estiver mais barato.
Secundária vc loga no seu console e só pode jogar, salvar e pegar troféu nesta conta. Na sua conta o jogo aparece com cadeado. Boa quando vc quer jogar por um tempo e nunca mais e não liga para troféu (uns 25 reais por 7-15 dias).
Obviamente a primária é mais cara e melhor escolha.
Recomendo usar só as de aluguel em ambos os casos, pois um dia o dono da conta vai mudar a senha, mesmo falando que a garantia é vitalícia.
Uso há anos e nunca tive problemas e não vi relatos preocupantes de Ban por isso (lógico que seria um motivo se quisessem).