Para evitar grandes estragos corra os upgrades de arma. Claro que antes disso construir a estrutura que libera o upgrade de aumento do esquadrão é bem importante, mas tente fazer concomitante ao de abrir links, não sei se é o mesmo que libera os upgrades de bônus táticos (mais upgrades de arma, desconto em tecnologias, coisas do tipo). Descobri depois que joguei que a melhor ordem de construção são essas 3 estruturas ou 2 estruturas. Não corra muito nos objetivos que avançam a história, pois eles antecipam certos inimigos. Eu mesmo quando encarei Codex já tinha arma de plasma e soldado no último Rank ou Penultimo. Meu esquadrão já era uma máquina.
Falando assim deu até vontade jogar novamente, mas a porra do patch para corrigir algumas roubadas e bugs toscos não saiu mesmo.