Só essa diferença mesmo (Não tem a função 3D). New 3DS tem alguns jogos exclusivos como Xenoblade Chronicles 3D, Minecraft: New Nintendo 3DS Edition , Fire Emblem Warriors, The Binding of Isaac: Rebirth, virtual console de SNES e outros jogos que rodam melhor no New 3DS/2DS. Super Smash Bros, Monster Hunter, Pokemon Sun e Moon, ultra Sun e ultra Moon e outros.
Tem desbloqueio e como o New tem um processador melhor roda emuladores melhor que no old 3ds/2ds
Pra jogar NDS tu pode usar um flashcard de NDS ou instalar um homebrew (TWiLight Menu++) sendo que o flashcard ainda tem compatibilidade maior o GTA roda pelo TWiLight Menu++
O Design no 2DS é bem bonito e vale sim se tu não liga para o efeito 3D. O efeito 3D no New 3DS é bem melhor que no 3ds antigo alguns jogos ficam bem bonitos como Resident Evil Revelations, Zelda Ocarina of Time e Majoras Mask... Vale a pena pegar sim, toda a biblioteca do 3ds, NDS e outros por emuladores (GBA por exemplo) em um único aparelho.