Eu não acho que tem como comparar o controle do Wii com os demais. Porque a proposta é completamente diferente. Então eu prefiro ignorar o controle do Wii nessa comparação.
O controle do 360 é foda mesmo. A pegada é ótima, tem o peso ideal, gatilhos concavos, é sem fio (como todos da geração) e eu gosto muito do direcional analógico dele (que "tomba" pouco). O único problema real pra mim é o direcional digital que é nojento. É o controle básico bem feito. E leva o primeiro lugar por isso.
O controle do PS3, é o bom e velho DualShock (que eu considerava a molhor por duas gerações seguidas) mas agora com porpurinas [kgay]. Faz o que o bom controle já fazia, e um pouco mais. Sem fio com alcance imenso, agora com gatilhos "de verdade" (imitando o Xbox que imitou o Dreamcast), um sensor de inclinação, e continua com a distribuíção de botões excelente e um bom direcional digital. É um bom controle que trouxe novas possibilidades sem comprometar a jogabilidade tradicional. Os maiores problemas deste controle ficam por conta do design que não evoluiu em nada, a pegada que se tornou um pouco incomoda (comparando com o do 360), os gatilhos que poderiam ser melhores (se fossem concavos), e os direcionais analogicos, que na minha opinião eles "tombam" demais - que por um lado é bom, pois ele reconhece mais níveis de comando analógico. Mas por outro (e na maioria das vezes) ele é um pouco mais cansativo de se controlar, principalmente jogos que exigem respostas mais rápidas (como FPS). Pega o segundo lugar.
O controle do Cubo eu vou por em terceiro (não que ele tenha sido o melhor da geração passada, mas sim porque eu desconsiderei o Dual Shock 2 - já que o 3 veio nesta representando os anteriores). Depois dessa pequena ressalva, o controle do Cubo foi muito bom, tem uma boa pegada, o "C" que funcionou muito bem tanto pras funções analógicas quanto como "botões extras", e distribuição de botões em geral que foram muito bem usada pelos jogos da Nintendo e outros exclusivos do Cubo. Mas o problema do controle do cubo é nos jogos que não foram pensados exclusivamente para ele (o mesmo problema que eu vejo no Wii hoje - mas isso não tá em discussão). O design priorisa demais o botão "A", deixa o "B" extremamente secundário e o X e Y parecem botões "extras", e o Z é tão ruim de acessar que me parece um "select". Em jogos que não se deve priorisar nenhum botão (como os de luta, por exemplo), o controle ficou muito desajeitado.
Controles antigos foram bons em suas épocas (o do Snes, principalmente). Mas analisando hoje, seria essa a ordem pra mim.