A pergunta ficaria melhor se fosse quais jogos de consoles são melhores (em termos de conteúdo extra, diversão, etc) do que suas versões de arcade, pois existem alguns pontos aí que dão muitas divergências, como por exemplo, melhores em termos técnicos ou melhores como jogo em si, até alguns que são jogos completamente diferentes.
Poderia ter incluído os PCs também, existem muitos jogos melhores nos consoles do que nos PCs. Agora, falando de um jogo melhor (tanto tecnicamente e como jogo propriamente dito) U.N. Squadron do SNES seria um bom exemplo.
Tecnicamente falando é melhor nos gráficos (mais cores, mais paxalaxes, melhor scrolling, mais efeitos) e absurdamente melhor no áudio.
Como jogo em si é algo que está mais relacionado a opinião pessoal, pois existem algumas diferenças entre ambos, mas que para mim a versão de SNES se sobressai muito, porque deixou o fator replay melhor, onde balancearam no tempo de duração das fases (e na execução delas) e nas batalhas contra os chefes. Ainda existem muitos outros motivos.
1) Agora existe o hangar de compras, onde o jogador fica totalmente livre para customização, onde sempre começam com a mesma nave, mas podem comprar novas naves e carregar todas as armas do jogo simultaneamente (no arcade você tem 3 naves diferentes com tipos de armas únicas sem possibilidade de alteração).
2) Existem as fases extras de bônus, feitas para você juntar grana, algo bom para aprimorar seus equipamentos e se preparar melhor.
3) Você pode escolher as fases posteriores em ordens diferentes do arcade, deixando o jogo menos linear.
4) Ainda existe uma fase extra, onde você enfrenta mercenários num combate aéreo.
5) A introdução é disparadamente melhor, onde mostra o piloto se preparando no avião e depois percorrendo e decolando na pista em Mode 7, ao invés de mostrar apenas as naves e pilotos, além da mensagem “winners dont use drugs”, como acontece no arcade.
No arcade você pode jogar de 2 players, algo que não tem na versão de SNES, nesse caso, ponto para o arcade, mas eu entendo o motivo de não terem incluído isso na versão de SNES, e neste caso está ligado ao fato de terem usado Slow-ROM. Tendo em vista que o jogo tinha slowdowns em momentos frenéticos, seria inviável colocar outro player ali, deixaria tudo ainda mais sobrecarregado.
Pelo menos existe o patch em Fast-ROM, que elimina os slowdowns (uma pena que ainda não lançaram outro patch para 2 players), mas de qualquer forma, esse patch é uma melhoria indispensável.