A sua dúvida não tem muito a ver com o tema do tópico, que é sobre o Haxchi.
Mas respondendo a ela, sim funciona, Você já tem esse pendrive ou está pensando em comprar? porém não é recomendado, as portas USB do WiiU são 2.0. No próprio manual do WiiU a Nintendo recomenda um HD com fonte externa ou cabo y.
Algumas marcas de pendrive ou SD não são muito bem reconhecidas e podem causar travamentos.
Aproveito p complementar aqui a resposta, pois utilizo um pen drive de 128gb da sandisk. Optei pelo pen drive pois é aquele minúsculo, que só fica uma pequena parte visível, então tenho como deixar sempre conectado na porta traseira do WiiU.
Vantagens: tamanho/portabilidade
Desvantagens: custa muito mais caro que um HD externo, esquenta bastante, demora MUITO mais para instalar os jogos (comparando com o hd externo).
Por enquanto não tive nenhum problema para rodar nenhum jogo nele. Não comparei o loading (dentro dos jogos) do pendrive com o hd externo, mas na instalação ele demorou quase o dobro do hd externo (uns 40 a 50 min p/ instalar o Zelda BoTW).
Mas esse modelo da sandisk funciona tranquilo.