Retirar legendas? Acho que não tem como. Se o video já foi renderizado com a legenda o máximo que dá pra fazer é botar uma tarja em cima pra 'esconder' ela.
Quando aos programas, se for uma edição bem simples você pode usar o Windows Movie Maker, que ja vem no windows mesmo. Só que acabei pegando nojo desse programa pois sempre dava crash e eu perdia meu vídeo... [kong]
Eu recomendo o Sony Vegas 8.0, vc acha fácil em qualquer "loja". Ele tem bem mais recursos, mas mesmo assim não é muito complicado de usar.