Você testou com mega e Snes? Onde ficam suas ROMs, SD CARD ou HD/Pendriver?
Testei: Master System e Mega no mesmo emulador, Nes, Snes, Mame e Neo Geo no mesmo emulador e CPS 1, 2 e 3. Tudo que testei funcionou 100% na versão estável tanto no homebrew qnto direto no canal que é muito melhor de usar.
O sistema é muito inteligente, quando tentei rodar uma rom de Neo Geo no CPS ele parecia que tinha travado (percebi o erro e fiquei pensando que teria que desligar da tomado), segurei o botão do power do tablet e ele desligou o sistema, depois lembrei que a rom demora um pouco para carregar, então fiz de novo essa façanha, esperei o tempo e ele retornou o que aquela rom não era daquele emulador para eu tentar rodar no emulador FinalBurn (o correto para Neo Geo), depois fiz isso com uma rom de Mega Drive no Snes9x e falou a mesma coisa... não satisfeito, abrir o retroarch launcher, fui em abrir arquivo, escolhi uma rom e ele perguntou se eu queria abrir com "X" emulador, o correto da rom.
Deixo as roms em algum lugar do cartão sd.
Sugiro testar outra rom (outro jogo e depois o mesmo jogo) e se tiver condições, testar a rom que está dando erro num emulador de outra plataforma.
Existe uma lista de compatibilidade de roms com problemas no retroarch, nem olhei isso pq a maioria dos jogos dessas plataformas menos exigentes, rodam de boa no Wii U.