Meu conselho é, não migre. Comece do zero.
Se tiver um SD a parte para isso, melhor.
Pq se der certo, ok migrou, mas se der errado o transtorno é maior.
Se tem saves importantes, faça backup deles com o JKSV.
Depois de fazer possíveis backups dos saves, e de qualquer coisa que achar importante, formate o cartão SD em fat32.
Pode seguir esse guia:
Set up Atmosphere for the first time on an unpatched, or any
Switch fitted with a modchip.
switchway.net
Só tem um porem, depois de fazer o backup da nand, ele indica particionar.
Eu faço diferente, depois de criar o backup, faço uma cópia da pasta backup sem apagar. E depois converto esse backup do SD em emunand, com o hekate. Acho mais prático.
Decide o que vai fazer. Se quiser seguir o guia que passei, pare quando terminar o backup da nand e te oriento com o restante.
Qualquer dúvida é só postar.
A forma de instalar jogos no guia que vc mostrou tbm está datada. É bem simples hoje instalar jogos via usb pelo DBI. Com um simples arrastar e soltar de mouse.
Vou passando aos poucos.