Sim tem que utilizar uma conta USA, ou qualquer país que tenha eshop de verdade, tanto faz se for assinar na BR ou na USA, como já disseram, você pode mudar a localização quando bem entender, dito isso, como você fez duas contas, deixe com assinatura a conta americana, pois além dos jogos de SNES e NES, tem o tetris 99, e de vez em nunca eles liberam um jogo por um final de semana (já fizeram com Mario Tennis e Splatoon).
Quanto a compra do serviço na loja BR, se for código (o que muito provavelmente é), você pode resgatar na conta americana, resgate esse é feito no próprio
switch na eshop, tem uma seção de redeem code, serve para jogos também, que aliás rendem moedas de ouro (cada jogo de 60 dólares te devolvem 300 moedas que equivalem a 3 dólares).
EDIT: ESTAVA ERRADO
*Para baixar o Nintendo Entertainment System™ -
Nintendo Switch Online, acesse o Nintendo eShop no
Nintendo Switch e insira o código de download (D3GL-5JSN-D5TB-FLVB).
*Para baixar o Super Nintendo Entertainment System™ -
Nintendo Switch Online, acesse o Nintendo eShop no
Nintendo Switch e insira o código de download (D3GL-5JSN-YJ6B-RXKB).
Sendo assim pode usarna sua conta BR tranquilo, quando for abrir o aplicativo, ele vai verificar se você tem a assinatura.