Essas palhaçadas começaram por causa do Windwaker.
Depois o Twilight fez umas graças e ai o estrago já tava feito.
Oficialmente as unicas continuações reais eram o Zelda 1 + 2 do NES, Ocarina + Majora e Windwaker + Phantom Hourglass + Spirit Tracks... e agora o "BotW 2".
Ai virou essa zona sobre ter 3 linha do tempo diferente que não faz o menor sentido.
Vou pegar a história do Mario Party e fazer 3 timeline diferente tambem.
Links Awakening também é sequência direta do Link to the Past, que é sucedido pelo Between Worlds (Triforce of the Gods 2 no Japão).
Mas sempre foi comum os Zeldass fazerem referencias claras aos jogos anteriores.
Skyward Sword (criação de Hyrule) e Ocarina (surgimento do Ganondorf) são declaradamente prequels dos três primeiros jogos, assim como Wind Waker é sequência do futuro do Ocarina of Time (abertura do jogo já mostra isso).
Agora, esse negócio de timeline é desnecessário mesmo. Era melhor deixar solto, na imaginação de quem quisesse pensar nisso (fazer pirueta imaginativa para encaixar jogos que não encaixam em lugar nejhum), e não declarar que existem três linhas do tempo, que em uma delas o Link foi derrotado, etc.