Não existe isso de 100%. Até mesmo as revisões de hardware dos consoles não é 100% com o anterior. O cara pra chegar a 100% tem que ir à nível do circuito, transistor, etc. Isso é inviável, tentaram com pong, uma placa simples e viram que não existe hardware que rode. O que você vê é uma aproximação muito fiel.
E sim, o trabalho dele é excelente, mas saiba que o programador do Higan ajudou ele em alguns bugs (e ele ajudou o byuu à tirar um bug também). Ou seja, é praticamente um emulador só que com linguagem direto da máquina como verilog. Você pode não perceber, mas há diferenças de timings, o Super NT não emula todos os chips extras se rodar direto do SD card e os que rodam não tem a precisão do higan, precisão de jogos japoneses obscuros como a AI de jogo de GO, etc.
Claro que isso é imperceptível na prática, às vezes com diferenças só em demos ou jogos obscuros. Consumidor final nunca que vê alguma diferença.
Duvido que ele tenha o trabalho de implementar o som do genesis plus gx, como exemplo. Os caras tiveram um trabalho imenso pra fazer engenharia reversa (tem parte no vídeo do DF), e como o som do Mega SG já excelente com várias opções, não há porque mudar.
A mesma coisa acontece com o Mega SG, um bom emulador supera facilmente em precisão, ainda mais se adicionar os extras, como run ahead - input lag menor que o console, shaders (há melhores opções de misturar o dithering, melhor scanlines, etc.), jogar a 4k e não ficar restrito a 1080p, netplay, conquistas, e vários outros.
Mas como disse, é óbvio que ter um console físico pequeno e bonito que roda os cartuchos é bem legal, e vale muito à pena pra quem tem o dinheiro disponível.