Duckstation - O stenzek, desenvolvedor do emulador, também era desenvolvedor do Dolphin. O nome veio meio que da ideia de seguir com o nome de algum animal para o emulador, tal como o Dolphin.
PCSX2 - Desenvolvedores do PCSX, que era um emulador de PS1, migraram para um novo projeto para o PS2. O nome é um trocadilho de PC e PSX, o nome como o PS1 era mencionado em alguns lugares e revistas.
Genesis Plus GX - Originalmente era um emulador de megadrive para o GameCube e o nome meio que era emprestado de F-Zero GX.
PicoDrive - Originalmente era um emulador de megadrive para celulares Symbian, tipo os Nokias antigos. Pico é unidade de medida, abaixo do nano, é bem pequeno, assim como o emulador tinha que ser, já que o hardware era bem limitado. Mas pode ser também uma homenagem ao Sega Pico, um computador de brinquedo da Sega.
Yabause - Yet Another Broken And Unfinished Saturn Emulator
Yaba Sanshiro - Ele se chamava uoYabause, de unnoficial Yabause, mas era confundível com o original de onde fizeram o fork, então mudaram para esse nome, que é uma homenagem ao Segata Sanshiro, um "mascote" do Saturn.
DEmul - Dreamcast Emulador (dã)
flycast - O nick do desenvolvedor é flyinghead. Aí ele mesclou com Dreamcast e virou flycast.
nullDC - O desenvolvedor se inspirou no trabalho de um outro desenvolvedor, chamado Zezu, que tinha criado um emulador de DC chamado ZnullDC.
Xemu - O emulador roda usando um hipervisor chamado QEMU (Quick emulator). Um hipervisor é um sistema onde você roda várias máquinas virtuais sob um hardware.
CXBX - O nick do desenvolvedor era Caustik, e xbx é uma contração de xbox.
Xenia - A GPU do Xbox 360 se chama Xenos, que em grego é hospitalidade, de ser hospitaleiro. Xenia é o feminino desse nome. Li por cima que Xenos era ligado a Zeus e Xenia a Atena.
FinalBurn (Neo, Alpha) - Inicialmente emulava After Burner da Sega. Aí foram expandindo para outros jogos. Aí o Alpha foi quando adicionaram as placas CPS1, 2, para rodar Street Fighter Alpha e o fork Neo era para Neo Geo.
DeSmuME - um jogo de palavras - DS Emu + ME O nome DeSmuME deriva do uso popular de ME em produtos Nintendo DS por desenvolvedores de homebrew.
Citra - O 3DS tem o nome CTR internamente nos nomes dos modelos. Um dispositivo de captura usado no desenvolvimento se chamava Partner-Citrus-Capture.
MelonDS - Esse eu não achei, mas chuto que tem algo relacionado com os jogos do Yoshi, que sempre possuem um melão como item.
PPSSPP - PlayStation Portable Simulator Suitable for Playing Portably
bsnes - O nick do desenvolvedor era byuu.
cemu e dolphin, como já mencionaram, é Cafe Emulator, Project Cafe era um nome do projeto do Wii-U e Dolphin do Game Cube.
Yuzu - é um tipo de limão japonês, imagino que seja um trocadilho com o citra, da qual eles também eram desenvolvedores.
Ryujinx - Ryujin é um dragão dos mares da mitologia japonesa. NX era o codinome do
Switch.
