Usando um exemplo de anime/mangá, em Dragon Ball, muitos dos heróis antes eram considerados vilões: Tenshinhan, Piccolo, Vegeta, Andróides 17 e 18, Majin Boo gordo... considerando a saga do Torneio do Poder em Dragon Ball Super, talvez o Freeza entre nessa lista.
O Vegeta já matou muita gente inocente, mas ainda assim o personagem tem muitos fãs. A possibilidade de reviver com as esferas do Dragão acaba relevando as ações dele.
Em alguns casos, eu gosto da possibilidade de jogar com diferentes facções, cada uma com enredo e conteúdo diferenciados. Fire Emblem: Three Houses faz isso, mas nesse caso há muito conteúdo repetido entre as rotas do jogo. Brigandine, lançado recentemente, também faz algo parecido, e tem 6 facções jogáveis.
Em jogos de luta, dependendo do jogo, acho importante ter a possibilidade de jogar com vilões. Em alguns casos, faz sentido haver uma campanha separada mostrando a perspectiva dos vilões, ou situações em que os heróis e os vilões se unem temporariamente para enfrentar um inimigo em comum.
No mangá de My Hero Academia, existe um arco inteiro onde os vilões são protagonistas: