tanta coisa.
Pra começar, ele poderia não ter deixado o STF interferir na nomeação do Ramagem para diretor da PF, ali começou grande parte do erro já que a constituição garante que a nomeação é ato privativo do presidente da república. Ele deixou o stf interferir e abriu margem pra tudo que está acontecendo.
Outro coisa, o Presidente é o chefe supremo das forças armadas, se é assim imagine com a polícia federal, então ele como chefe do Ministro da Justiça poderia barrar ali mesmo o STF impedindo a PF de cumprir as ilegalidades e absurdos.
Se ainda assim não fosse suficiente, ele poderia fazer como a Polônia que editou uma norma criando uma Corte Disciplinar para Juízes da Suprema corte impedindo juízes de decidirem contra valores do povo polonês.
Cara, Bolsonaro tinha (e ainda tem mesmo que mitigado) tantos meios de impedir isso, mas ele prefere ficar cheirando peido do Michel Temer ou políticos mais velhos e poderosos. Se eu falar que ele é medíocre ainda estou sendo generoso.