O que eu acho q a SE ta tentando fazer é transformar a timeline do OG em um Bad Ending (ou uma Not-so-good Ending
) em comparação ao que vai acontecer:
OG (Bad Ending): Zack morre, Aerith morre, mas cloud derrota o Sephiroth no final e salva o planet com ajuda da Aerith
Remake (Good Ending): Aqui o Sephiroth já "sabe" (A Aerith e o Red XIII também pelo o visto) o que vai acontecer na timeline do OG (ele não quer "perder" desta vez), sabendo disso ele começa a mexer com o futuro,
que resulta na salvação do Zack, e ai entra os Whispers of Fate para tentar "limpar" essas cagadas do Sephiroth faz e manter a timeline do Remake igual do OG (A "morte" do Barret serviu tb para indicar isso),
mas no final daquela estrada la da Shinra os Whisper sao derrotados/desaparecem (ou algo do tipo, indicando que agora não vai ter ninguém para consertar cagada dessa timeline, ou seja tudo agora vai ser do jeito que acontecer/novo, independentemente do resultado final)
que era o que o Sephiroth queriam, já que ele sabe que na timeline do OG ele foi derrotado e nao quer repetir o mesmo fracasso.
Nessa timeline nova é bem provável que o Zack e a Aerith (talvez?) se salvem (não me espantaria se o Zack se tornar um playable character) como os outros personagens que estavam mortos já foram salvos até esse ponto.
A questão toda é como o Sephiroth ta, de certa forma, sabendo o que vai acontecer e manipulando o tempo, a seu prazer para ele conseguir os seus objetivos e ai começa a bagunça e no pior caso a lore do remake pode virar o KH da vida e fica toda cagada e confusa, tudo isso para salvar alguns personagens no final