Eu acho que na realidade você andou lendo interpretações ruins, então realmente se perde a nuance, o Gon não "ficou mal" porque matou a Nef, essa era a resolução natural de um combate, o Gon já tinha matado outras formigas anteriormente nesse arco, ele é consumidor pela raiva, deixando de lado a amizade com o Killua e inclusive a ameaçando matar gente inocente e ferida para atingir o objetivo dele, essa é a desconstrução de um protagonista de shonen.
A jornada do Meruem é um conflito do lado dele como rei das formigas e do lado "humano" dele que vai nascendo ao longo que ele começa a interagir com seres humanos, ele não ficou "bom", ele ainda planejava matar a maioria dos humanos, mas ele ainda iria permitir que os humanos existissem em áreas protegidas, sendo que na concepção dele o sistema dele ainda seria mais justo que o nosso sistema onde 1% tem o poder e 99% não, o que na realidade é exatamente a mesma solução que os humanos encontraram para as formigas, o Togashi não é tão sutil quando esse conflito todo se passa na região equivalente a Coreia do Norte no nosso mundo (o mapa de HXH é o nosso mas invertido).
Ainda assim o Mereum estava disposto a sentar e discutir isso com o Netero, até porque diferente do Netero, o Meruem não tinha nada a ganhar com esse conflito, ironicamente não foi uma bomba que parou o Meruem, mas sim só uma palavra. O flashback do Netero é importante porque é o que dá nuance ao combate dele com o Rei, ele buscou a vida inteira um adversário desses, ele literalmente ofereceu aos deuses seu treinamento como gratidão, ele tem uma enorme admiração pelo Meruem, mas infelizmente ele não se pode nem dar ao luxo de sentar e conversar.
Você ainda tem o Youpi que não precisava manter a promessa dele, mas naquele momento ele teve um sentimento de gratidão pelo seus adversários que ajudaram ele a amadurecer durante o combate, ganhando simpatia por outros guerreiros, só para ser quase que imediatamente traído pelo ataque covarde contra o rei, o Knuckles depois disso é incapaz de enfrentar o Youpi novamente por não conseguir mais ver ele como um "mal" que tem que ser destruído.
Enquanto a Nef e o Pouf servem de opostos em suas funções, o Pouf é fiel ao Meruem como rei das formigas, enquanto a Nef é fiel ao desejos do Meruem, até por isso um deles literalmente continuou lutando após a morte e o outro perdeu a vontade de viver quando viu que o "rei" já não mais existia.