Penso que a melhor saída para a Marvel Studios colocar a legião de mutantes no seu universo é criar um arco de histórias que se passaria no início do séc. XX até meados da década de 90, antes do surgimento, portanto, do arco atual que envolve os vingadores. Tal como está fazendo com a Capita Marvel.
No ensejo, aproveitaria e adicionaria outros heróis como o Quarteto, os olimpianos, o Magnum, o Homem-Formiga de Hank Pinn, o Nick Fury mais novo e, claro, a própria Capitã Marvel.
Até mesmo daria para dedicar um filme da dupla Wolverine (novo ator) e Capitão América (Chris Evans), nos idos da Segunda Guerra, acerca das operações secretas que eles realizaram, antes do eventos finais do primeiro filme do Capitão.
Então, depois de alguns filmes, sobre origem de alguns mutantes, sobre o início da relação dicotômica Xavier-Magneto, o arco final terminaria em meados da década de 90, arco final esse que poderia dar uma explicação minimamente coerente sobre a ausência dos mutantes e de outros heróis no período que se iniciou a partir dos eventos de Homem de Ferro 1.
Não sei qual seria a explicação ideal. Talvez pudessem beber diretamente de situações que ocorreram nas HQs, como o banimento dos mutantes para outro planeta ou para uma ilha isolada. O Quarteto Fantástico, aliás, poderia ter desaparecido em meados de 2000 e reapareceriam agora, com uma explicação que eles estavam fora da Terra, sei lá. Até seria justificável para termos um Dr. Fantástico fiel às HQs, visualmente falando, como um cientista de seus 50 anos e que convence ser o humano mais inteligente do universo, e não aquele garotão como fora retratado nos filmes da FOX.
Pois bem, depois deste novo arco, convergiria as suas historias ao final dos eventos da Guerra Infinita. Quem sabe, alguns deles já aparecendo, não só a Capitã Marvel?
Creio que despertar o gene X agora, depois dos eventos da Guerra do Infinito, vai tirar muito da complexidade das historias dos mutantes que se sucederam no passado, atrapalhando o background de vários personagens, como Wolverine, Fera, Ciclope, Mistica e, claro, Xavier e Magneto.