Baixei outra versão, desta vez NTSC-U, o problema continua e voltou a acontecer o problema de não reconhecer os botões do controle e em ambos jogos PAL e NTSC, enquanto fora deles funciona normalmente.
Descobri mais um jogo que está dando o mesmo problema do Wii menu e de não funcionar os botões: Metal Slug Anthology.
Esqueci de falar que eu estou usando o classic controller, mas acho que não faz diferença já que o wiimote também não funciona os botões, com exceção do home.
Testei um jogo de GC e está funcionando normal.
Esses jogos eu nem jogo muito, então não tem muito problema deixar assim, mas queria resolver pra evitar que aconteça com jogos que eu realmente queira jogar.
Estou sem ideias do que pode estar acontecendo e não vou ter muito tempo pra procurar problemas, espero que alguém me salve