Não sei muito de Gundam Wing, assisti alguns episódios faz tempo, no Cartoon. O que tem de diferenças:
Gundam Wing: Protagonista fodão, frio com jeito de assassino e que chuta bundas
Gundam Seed: Protagonista que se torna fodão aos poucos, não gosta de matar, entra em depressão durante a série, mas quando luta chuta bundas.
E Gundam Seed parece ser mais voltado pro desenvolvimento de personagens, tem romances que avançam e mais drama. Guerra os dois tem, intrigas os dois tem, reviravoltas os dois tem. Os Gundans de Gundam Seed são mais poderosos. Gundam Seed fez mais sucesso, tanto que teve continuação.
O Gundam Wing é: Grupo de pilotos com Gundans é enviado a terra para lutar contra o inimigo das colônias mas algo da errado, com o tempo eles lutam por um objetivo melhor (acho que é isso não conheço muito)
Gundam Seed: Um pais está em guerra com outro, e rouba protótipos de Gundans, menos um, eles começam a perseguir a nave que está com esse protótipo, até a história começar a se desenvolver para guerra de ódio entre raças.
São diferentes, no Gundam Wing os 5 pilotos tem bastante importância, em Gundam Seed o protagonista e um dos pilotos inimigos são os mais importantes entre os pilotos, tem outros mas muito do que acontece é por causa dos dois.