Vamos lá
estupro é o ato libidinoso feito contra a vontade de outra pessoa. Estão considerando que se uma pessoa está fora de seu estado de consciência(bebada ou drogada), seu desejo não pode ser considerado.
Então, se uma pessoa ver uma mulher bebada e ela quer ir pra cama com ela, pode-se denunciar um estupro, pq a pessoa tem que saber que pelo seus trejeitos ela não está em pleno estado de consciência. Esse é um fato típico.
Para que seja um fato atípico, ela deveria estar fora de seu estado de consciência, porem de um modo que o outro não pudesse diferenciar(sob efeito de alguma droga que não deixe cheiro como alcool, extremamente sonolenta ou bambeando das pernas).
Ou seja: eu de boa-fé a pessoa está indo pra cama com uma mulher que está dopada de algum modo que uma pessoa normal não tenha como notar(eu inclusive). A maioria dos elementos do crime estão ai: pessoa que não pode expressar sua negativa e o sexo. Só falta o elemento mais importante: o dolo. A vontade de transar independente da vontade da outra pessoa.
A pessoa está levando ela pra cama, mas na sua cabeça ela quer. Na cabeça dela, ela está sendo estuprada.
Se isso é tudo que se consegue provar, o fato é atípico, pq não tem dolo. Não é falta de provas. É que as provas não demonstraram um crime.