Não sabia que os autores da LN escreviam um script próprio para o mangá, sempre achei que os artistas simplesmente se baseavam no material original pegando dicas pontuais com o autor. O ponto é que geralmente as adaptações para mangá que eu li eram sempre rushadas, fora isso tem o fato da narrativa das novels conter muitos monólogos que não são fáceis de se colocar nos painéis.
Eu sempre vejo os fãs de Re:Zero tecendo péssimas críticas ao mangá, assim como o Classroom of Elite(esse eu li e consegue ser pior que o anime). Dessa temporada agora tem o Mushoko Tensei que eu não cheguei a ler mas já vi comentários de que o anime tem um ritmo mais lento e constrói a trama melhor.
Varia de acordo com cada caso, similar com o que ocorre da WN para LN, é comum o autor querer refinar ou alterar coisas quando tem a oportunidade, as vezes o autor só tem uma noção visual do que ele escreveu quando ele de fato olha os rascunhos do artista, e as vezes o ocorre de não ser uma cena tão interessante assim.
Alguns autores basicamente só selecionam os textos que são mais importantes e deixam para o artista preencher as lacunas na arte, muitas vezes só uma face mostrando certa emoção já diz mais que uma página inteira de monólogo.
Mas o fato é que o resultado final varia de acordo com a capacidade dos envolvidos, tem autor que acha que a LN ainda é a obra definitiva e tem autor que prefere muito mais o manga, do mesmo jeito que tem fãs que divergem dessas opiniões também e preferem o original ou as outras versões.
Normalmente o autor da LN geralmente se envolve no manga em alguma capacidade, mas tem casos onde o autor basicamente não se importa também.
Isso tudo é relativo, Mushoko é um anime de boa produção, ele vem primariamente se baseando no manga e adicionando alguns detalhes da LN, mas removendo muitas cenas consideradas inapropriadas.
Re:Zero eu não gosto, mas os fãs da LN odeiam muito o anime e um pouco menos o manga.
Otherside Picnic dessa temporada que eu leio a LN, tem um ótimo manga e o anime é um desastre, muito mais por incopetência do studio do que de fato um problema com a conversão para a mídia, poderia ter sido um anime excelente se tivessem apenas copiado o manga.
Mas com certeza tem LN que tem animes melhores que o manga, como também existe LN onde até o anime é melhor que a LN, até porque existe LN que é cheia de monólogos e exposição que não acrescentam em absolutamente nada e são apenas autismo do autor.